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文档简介

1、2.  安装好以后就会在程序中双击打开。     开始设计克隆目的基因的引物。打开后的界面如图。点FILE-NEWDNA SEQUENCE如图所示。输入目的基因片段，可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内，后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基，如图所示。选中enzyme图标，将所选质粒上的多克隆酶切位点加入左栏 选中OK键，分析目的基因中所含的酶切位点，选插入位点时就应排除这些酶 选中primer图标，点S图标，edit primer,开始设计正义链。软件默认引物为二-五个碱基 可将鼠标点在设计框的3端从右

2、向左删除7-9个碱基，保留16-18个配对即可 在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基，入该图加入HIND III酶切位点及TTA保护碱基，完成后点analyze，认为可以后点OK。选中左上角A图标，用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。如图，选中EDIT PRIMERS图标，开始设计反义链。从3端删除79个碱基同正义链。将酶切位点加在5端，应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入（注意不要加反）如图加入BamH I酶切位点及CGC3个保护碱基。完成后点analyze，认为可以后点OK。最后分析结果如图，反义链的FALSE PRIMING可以不考虑，RATING

3、表示引物评分也可以不考虑，主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度。GC含量不应超过60该软件有个缺点，不能保存分析结果，只能选择打印如果设计RT-PCR检测的引物就如下所示。同上输入目的基因片段，选SEARCH图标，选择参数，一般选PCR primers-both100至250个碱基，引物长短20/-2，search parametere中的参数可以不选，为默认设置。点OK。显示满足设计参数的候选结果，点OK.  点SENES选择正义链，RATING表示引物评分，最好选评分高的。点ANTI-SENSE,相同方式选择反义链。整个一队引物评价同目的基因克隆的引物设计相同 Tags: PRIMER 5.0 ,

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