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文档简介
1、碳材料3D模型的简单画法-利用NanotubeModeler和chembio3Dby 小木虫 wulishi8之前 fluleaf 发帖( ),讲述石 墨烯的简单画法,我当时跟帖表示也做个小的教程之类的。但是那时候实在是很忙, 没有时间。期间又有一些虫友发短消息给我询问,我也无暇满足。今天终于抽出两个小时时间,做了个十分简易的教程。由于时间有限,本帖只是抛砖引 玉,还请大家指正。其中用到 Nan otubeModeler软件这个软件,请大家从这里下载。http:/emuch. net/bbs/viewthread.php?tid=5420070& fpage=1Chembio 3D也可以从论坛
2、里面下载得到,但是我一时找不到。谁找到请告知我,我贴 过来。具体内容见附件的pdf文件,动态图见附件的gif文件。1利用NanotubeModeler构建各种碳材料的坐标,如单壁(多壁)碳纳米管,石 墨烯,富勒烯。 Select Typehai-Tubetc-c Num- TubeGraphene Stieethano - ConeCon - SheerBueky = BrIL翘Fulerene LibraryXYZ- Imparlwwni2 0选择碳材料的类型,如下图中的碳管,输入手性,长度,层数等,就可以得到 3D碳管模型了。1呼豹“皿.|i jWdHf亠Ha匂IdM.+ * 0 o 寿1
3、 Shl亍删丄211疋lanai畫、 鼻aiB*b口*sfelHqfTME9RT-n汇菩芒r穿壮二兰器即黑耸二*二二n1Es=. |!罚己1|啊TIU酱 *!PS 底曰壬画 BNfs bnnb4i4i代A-se-ectlypmAA工 an 口 TllrmCh 1-3-?(n- m) Tubernglh BQna.ffngws MWHTlH.rMAIb,MO 陀 層14 VRV .tfxrtc za_T5g hi Mouse Butte ft D rag fbr * Zoom ui s3 左Ax 33-16 - USAd34 I Iz.iUrLRrl3Ulis27mX*s.o8L*孔LluQ-3
4、=- T3H t 1 :?囂 l.ral -I Juh 08 M雯 g 1岸慣 3吐曽 Ms.層 总廉ArJfil shlaso V.WVS 4M7 茱 WE7 皿忖甕 兰卷 -SS M三D3-2 E&W 負P15B“ JS 匚班冀績 3.5725 归巴尺 黑虽 k p2H:.i -A34L.i- meMtrf f& i 柱 AB-m 憩-.d.五vlMubtpiniw KH m sMHWulm WBQas5厘* - fc3D r-b富勒烯:HX2 -I-732*前 OCT*J 351520 73111 OCTI-3J31S31”3fi阳门 33154-c vow1.253-3.3J155-1
5、 呷3443 3646-2册*底MW-2J60Sf-11 WW3JS11 9W3-JJ603592SIM13 ?25* MM12.42-5.W220關173.63T3-4SZII1i3.Q113-4 1S422 2433律-4 412 12M201.9M4-5.24C2ami211 2M5-0 3335-4 STBI222.55393.25744 514123Z.TZOB-4.2216-3 $241,529-4.3S6C-3 363325c.tcio-4L3613药1.SM#3.2dfeL Mtn2.输出模型的坐标。如我选择输出(6,5)碳管的坐标,mol格式 MrGwW ZhHrr 叩怕M
6、DM=*=TC| 补-.-*WlilW -*XVfcliriinIB*wIJ_ jj丄IsmivQ$&oe231SM1I2MI33如痊K3U1 13CSZ 4- 1241TC34Ut 313T冷two4lGE,郴了诒g抽IQ3M74冷髯IFW3Ji y1221 IM2irrs111F1H1 ww141HQJiS13IS21111I 张占I T* XM9M Y HA 也w1t1?1s1忖1!|11悄13|4141门&rrAm ftaOm 51t3 A&M決fcU会询问单键还是双键,选择单键。再保存一个富勒烯的模型,如C60。以及一个窄的石墨烯带3.用chembio 3D打开刚刚保存的碳管文件,发
7、现碳原子上面连有氢键,这是因 为我们保存坐标的时候,碳之间的键保存成了单键,需要氢键使模型稳定。这个 没关系,只需要选择不显示氢键。先选择所有的氢原子,然后隐藏。或者直接选择空白的地方鼠标右键, 选择隐藏 氢原子。诟呼in讯丐dr|n Hl Hi5畑玄 A1(w- 5zt皿“ =;Hl.hr1 L dU Cd- C4 StirCI亦y Kliifi n IZhr10; jetet-tiiShow Atom DotsSrow Hydrogen itornNydrtXJtr 3ondi卜Show Lon# 巧卜5how Dipole Morrwnt效果如下:4.导入石墨烯和C60,同样隐藏氢原子。
8、:讪叩険 f-Rqrfwn tomSdrrtBwd 5逢Appfit审叶i DEMt*3.也可以选择某些原子,改一下颜色也可以选择某个原子,调节其位置。如下图石墨烯中的蓝色C原子首先利用像箭头的那个工具选中这个原子, 然后用第三个工具扭转图像,最后利 用第五个工具改变目标原子的位置。(这在画石墨烯缺陷,掺杂或者被氧化等示 意图的时候很有用,你也可以改变原子为 0或者增加原子,等等。)丄巴爲忘丨如;九丄0还可以选中原子后,右键,选择模型的显示方式,如球棍模型或者其他几种。选中之后右键,可以改变原子的大小。CutrFIcopyCwlYP* tieClrl*V(Uplaw wi曲 Text TmI卜
9、Xrl刖卜Vifs tnlrtyCo torDi&plfly Mode卜Aloni serial huFlwraicm Symbol卜Atom Doe卜A(K|y Atm 5izrR*Mt io or*jit/ nHrMkrw leiSlirks阳JI M 5ck Cydmdrii;fli Sends 5ith TbmtI SiSelect 1Visibtfityp 1Colff1 1htom urwMriAAjOffl E押nk uA10W Mlflillad:Mom siatAppy抑如 siWlct Oqj 冃 Ed S mApp 叩 尸已 flew! s pp如,我选了 wire frame之后的碳管:Spacefill ng 之后的 C60。也可以在碳管中填充你要的分子,或者Graphene nanoribbons等等。只需要改变 他们的位置关系。如下图,我再复制一个C60,然后放入(10,10)碳管中。在另一个角度改变C60的位置。换个颜色假如给碳管换个别的显示模式,可以突出填充的C60。还可以自己制作动态图,让你画的图围绕某个轴旋转ft存真塑时Ulf C&
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