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文档简介

1、南方医科大学实验报告姓 名 学 号 专业年级 基础学院生物信息学教研室题 目序列比对日 期实验者一、 实验目的掌握BLAST 2的使用和功能了解点阵法进行双序列比对的优点二、 实验器材电脑三、 方法与步骤见下文四、 结果与讨论1，例题中其它的最佳比对结果2，用动态规划法找出两序列的所有最佳比对，要求写出详细过程。打分矩阵采用（4，3，4，即匹配得4分，不匹配得3分，空位得4分。序列1：AAAG，序列2：ACG 。（1）给动态规划矩阵赋初值0AAAG00-4-8-12-16A-4C-8G-12（2）按照最优分的递归算法填充动态规划矩阵0AAAG00-4-8-12-16A-440-4-8C-801

2、-3-7G-12-4-321（3）从最后一个单元格开始，回溯最优化比对路径 1，利用BLAST 2进行双序列比对。 RBP4在人体的旁系同源蛋白：RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）进行两两比对，并得到各自的核酸序列进行两两比对。 比对全部采用默认参数。 结果用截图。 没有显著相似的注明 “ No significant similarity found ”即可。 2，双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ），并对各自核酸进行两两比对。1

3、 RBP4（NP_006735），载脂蛋白D（NP_001638）RBP4（NP_006735），前列腺素D2合成酶（NP_000945）载脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945） 双序列比对RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ）。3，点阵法序列1自身比对1 AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT 61 GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT 121 GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC序列2与序列3比对：两者为反向互补序列，可以发现可能的发夹状结构。序列2：GGGATCACGTATGCAT

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