单细胞测序技术大比拼

1、单细胞测序技术大PK随着“人类细胞图谱”计划的开展，单细胞测序技术已经进入2.0时代，尤其，基于微液滴或者微流控芯片技术的高通量单细胞分选平台的出现，引领生命科学研究进入单细胞生物学时代。目前，国内外以及各种文献报道的单细胞测序技术让人眼花缭乱，不知该如何选择。其实，国内外大规模单细胞技术的平台主要有C1单细胞全自动制备系统、ICELL8 Single-Cell System、Illumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution、BD Rhapsody Single-Cell Analysis System和10X Chromiu

2、m Single Cell Gene Expression Solution这五种，接下来小编就带你一一了解下：10X GENOMICS技术简介ChromiumTM Single Cell 3 Solution是基于10 X Genomics平台，能够一次性分离、并标记50010000个单细胞，并能在单细胞水平进行检测的技术，其通过微流控系统，将单细胞或长片段DNA分子快速分配到油包水的微反应体系中，每个微反应体系中的单DNA分子会获得唯一的特异性分子标签，制备生成的测序文库可以在illumina平台进行测序，并由10x Genomics提供数据分析及可视化软件，测序实验及分析流程可以和ill

3、umina系统无缝衔接。10×genomics技术一次可以同时得到大量大细胞数据，但只能得到mRNA信息，LncRNA大部分信息丢失，UMI技术能很好去除认为分析引入duplication及PCR引入SNP位点。同样对RNA质量要求高，降解同样会引起5端信息丢失。10X GENOMICS单细胞转录组测序优缺点10x Genomics单细胞转录组测序优点1、 简单便捷：集单细胞分选、扩增、建库于一体；2、 细胞通量高：每个样本细胞数可达500-10000个；3、 建库周期短：1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库；4、 超高捕获效率：单细胞捕获效率高达65%；5、 真正意义的单

4、细胞：单个液滴捕获到多个细胞的概率极低（0.9%/1000cells）；6、 价格实惠：相较于其它单细胞平台，价格实惠。10x Genomics单细胞转录组测序缺点1、 非全长信息：只能获得3端转录本信息；2、 样本要求高：单个样本细胞起始量达105-106个，活细胞数目需超过80%，建议在90%以上最佳。 BD Rhapsody Single-Cell Analysis System该系统采用分子标签技术，能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签，实现了单细胞水平上基因表达谱的绝对定量，同时，每个细胞也会被标记特异性细胞标签，这使高通量平行建库成为可能。结合Rhapsody特有的单

5、细胞分离技术，单次实验可制备10010000个单细胞文库，用户可根据需求定制引物，将检测范围集中在目标基因，大幅降低后续测序成本。优势：实现多样本混合捕获，微孔板的孔数高达22万个；具备成像系统，可观察细胞相关信息；可以实现转录组-蛋白组联合分析。llumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution2017年1月17日，Illumina公司和Bio-Rad实验室公司在JP摩根健康大会上发布了Illumina®Bio-Rad®Single-Cell Sequencing Solution。ddSEQ System是

6、单细胞分析的新一代测序（NGS）工作流程，一次性8个样本，每个样品可以得到50010000个细胞，能够在组织功能、病情进展和治疗反应方面等研究单个细胞的协同作用。与其他高通量捕获平台相比：捕获效率低，仅为3%，成本相对低。优势：操作简单、一次性可8个样本，捕获50010000个单细胞，成本较低。ICELL8 Single-Cell System2015年2月份，Wafergen公司开发ICELL8 Single-Cell System单细胞分选平台，具有通量高，周期快等特点，解决了传统单细胞扩增中通量低，价格贵的问题，在大量细胞的捕获筛选过程中提供了高效的平台。但是，细胞的捕获只有效率30%，

7、成本相对较低。优势：相对而言，流程较简便，每次运行可分离5001000个细胞，可一定程度降低成本。C1 单细胞全自动制备系统Fluidigm推出的C1单细胞自动制备系统，并与单细胞基因表达分析中广泛被采用的BioMark HD微流体PCR系统相结合，能够快速可靠地分离、处理并对单一细胞进行基因组分析。但与其他高通量单细胞平台相比，其通量低、成本高、周期慢、对试验人员要求高，操作较繁琐和困难。目前主要在国内部分科研院所使用，较难应用于高通量单细胞研究。优势：可以获取到转录组的全长信息，但是通量低、价格较贵。总结综上可以看出，各个平台各有特点，根据实际情况考虑多种因素，以选择一种最能满足试验需求的

8、平台。但是，10X Chromium Single Cell Gene Expression Solution平台的通量高、周期快速、成本低、细胞捕获效率高、性能优势比较明显，并且商业化仪器操作简便。10X GENOMICS单细胞转录组测序技术流程单细胞悬浮液制备细胞质检10 X genomics 标记cDNA 片段化文库构建Illumina 测序数据分析案例分析通过10× genomics单细胞转录组测序绘制肺癌肿瘤微环境图谱 技术路线研究结果文章共选取5例共19个样本，通过10×genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能（信号通路）、关键

9、marker基因和临床预后。共鉴定出52个基质细胞亚群，反映了肿瘤微环境复杂性。对基质细胞的marker基因做生存曲线，发现这些marker基因可以作为肺癌预后诊断的潜在标志物。天津生物芯片10x Genomics系统平台已正式运行，欢迎天津生物芯片的新老客户体验10X Genomics服务！ 可修改 欢迎下载 精品 Word亲爱的用户：烟雨江南，画屏如展。在那桃花盛开的地方，在这醉人芬芳的季节，愿你生活像春天一样阳光，心情像桃花一样美丽，感谢你的阅读。1、最困难的事就是认识自己。22.1.131.13.202221:4421:44:511月-2221:442、自知之明是最难得的知识。二二二二二二年一月十三日2022年1月13日星期四3、越是无能的人，越喜欢挑剔别人。21:441.13.202221:441.13.202221:4421:44:511.13.202221:441.13.20224、与肝胆人共事，无字句处读书。1.13.20221.13.202221:4421:4421:44:5121:44:515、三军可夺帅也。星期四, 一月 13, 2022一月 22星期四, 一月 13, 20221/13/20226、最大的骄傲于最大