基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析

1、.新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析高春林 刘光陵 夏正坤 邱洁 高远赋 樊忠民 伏洁 任献国 徐敏 郭锡熔 摘要：目的 肥胖呈现全球流行趋势.目前,已基本证实其为一种多基因遗传病,先前研究小组筛选获得肥胖相关的新基因6次跨膜表位抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4,STEAP4)在肥胖患儿脂肪组织中差异表达,旨在进一步验证其在肥胖儿童脂肪组织中的表达,并初步探讨STEAP4的生物信息学特征.方法 采用实时荧光定量PCR(Realtime-qPCR)技术验证肥胖与健康儿童脂肪组织中STE

2、AP4基因的表达差异,应用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、Interpro Scan 和SMART等软件或数据库分析STEAP4的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、结构域及亚细胞定位等.结果 STEAP4基因是一个功能未知的基因,低表达于肥胖患儿脂肪组织中,生物信息学分析该基因cDNA全长4454bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长1380bp,编码459个氨基酸,预测相对分子质量51981.2,定位在胞膜,蛋白序列分析显示为6次跨膜螺旋结构,为可溶的亲

3、水性蛋白,蛋白结构域分析显示具有黄素蛋白跨膜成分(三铁还原酶结构域),NAD(P)结合结构域,NADP氧化还原酶(依赖辅酶F420)和血红素蛋白保守位点.结论 STEAP4基因是一低表达于肥胖患儿脂肪组织中的基因,高度提示该蛋白与肥胖及其相关的胰岛素抵抗的发生存在相关性,值得进一步研究证实.关键词：肥胖症;STEAP;基因表达;计算生物学分类号：Q786文献标识码：A文章编号：1008-8199(2011)02-0117-05A novel gene six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4: Expression in th

4、e adipose tissue of obese children and bioinformatic analysis GAO Chun-lin LIU Guang-ling XIA Zheng-kun QIU Jie GAO yuan-fu FAN Zhong-min FU Jie REN Xian-guo XU Min GUO Xi-rong 基金项目：国家自然科学基金(30772364);江苏省医学领军人才培养经费(LJ200624)作者单位：高春林（210002,南京,南京军区南京总医院儿科;210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科）刘光陵（210002,南京,南京军

5、区南京总医院儿科）夏正坤（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）邱洁（210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科）高远赋（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）樊忠民（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）伏洁（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）任献国（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）徐敏（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）郭锡熔（210004,南京,南京医科大学附属南京妇幼保健院）参考文献：1Hellstrom L,Reynisdottir S.Influence of heredity for obesity on adipoc

6、yte lipolysis in lean and obese subjectsJ.Int J Obes Relat Metab Disord,2000,24(3):340-344.2Millon-Fremillon A,Bouvard D,GrichineA,et al.Cell adaptive response to extracellularmatrix density is controlled by ICAP-1-dependent beta 1-integrin affinityJ.J Cell Biol,2008,180 (2):427-441.3陈小慧,赵亚萍,高春林,等.S

7、TEAP4基因在人前体脂肪细胞诱导分化过程中的表达J.实用儿科临床杂志,2010,25(7):473-475.4JoyceMB,de Chalain TM.Treatment of recalcitrant idiopathic muscular torticollis in infantswith botulinum toxin type AJ.J Craniofac Surg,2005,16 (2):321-327.5黄岚,邹大进.青少年腹型肥胖与代谢综合征危险因素的相关性分析J.医学研究生学报,2009,22(2):173-175.6Katada T,Ishiguro H,Kuwabar

8、a Y,et al.MicroRNA expression profile in undifferentiated gastric cancerJ.Int J Oncol,2009,34 (2):537-542.7张慧明,梁元姣,郝群,等.雌激素受体相关受体与雌激素受体在子宫内膜癌组织中的表达J.医学研究生学报,2010,23(2):171-174.8Moldes M,Lasnier F,Gauthereau X,et al.Tumor Necrosis Factor-induced Adipose-related Protein (TIARP),a Cell-surface Protein

9、That Is Highly Induced by Tumor Necrosis Factor and Adipose ConversionJ.J Biol Chem,2001,276(36):33938-33946.9Nickel W.The mystery of nonclassical protein secretion.A current view on cargo proteins and potential export routesJ.Eur J Biochem,2003,270(10):2109-2119.10Gao L,Mann GE.Vascular NAD(P)H oxi

10、dase activation in diabetes:A double-edged sword in redox signallingJ.Cardiovasc Res,2009,82(1):9-20.11Dzyakanchuk AA,Balázs Z,Nashev LG,et al.11beta-Hydroxysteroid dehydrogenase 1 reductase activity is dependent on a high ratio of NADPH/NADP(+) and is stimulated by extracellular glucoseJ.Mol C

11、ell Endocrinol,2009,301(1-2):137-141.12Ohgami RS,Campagna DR,McDonald A,et al.The Steap proteins are metalloreductasesJ.Blood,2006,108(4):1388-1394.收稿日期：2010年9月8日修稿日期：2010年10月12日出版日期：2011年2月20日PPAR-基因对脂质代谢调控机制的生物信息学分析摘要：过氧化物酶体增殖激活受体（PPAR-）是具有重要生物学功能的转录因子，可调控脂肪细胞分泌的多种蛋白质因子基因的表达，促进脂肪细胞分化。它与肥胖、型糖尿病、心血管疾病、癌症的发病风险相关联。研究基于TRANSFAC数据库信息，利用MEMEMAST方法对PPAR-进行全基因组范围的靶基因生物信息学定位，并对获得的靶基因进行