科学与工程计算中心用户交流会PPT课件

1、谢作扬谢作扬20202020年年7 7月月科学与工程计算中心用户交流会主要内容主要内容http:/集群情况集群情况23 3中心介绍中心介绍15文章致谢文章致谢3 64收费与折扣奖励收费与折扣奖励 充值流程充值流程使用集群使用集群 7LINUX基础基础计算中心基本情况 计算中心目前管理学校两套大型超算集群计算中心目前管理学校两套大型超算集群,“启明启明”和和“太太乙乙”。两套集群均为为全校公共计算平台，总共拥有超过。两套集群均为为全校公共计算平台，总共拥有超过4万万个计算核心个计算核心，总计算能力超过，总计算能力超过2.0 PFlops。 中心机房：中心机房：慧园慧园5栋栋1楼；楼；办公室办公室

2、: : 慧慧园园5栋栋307 中心主页：中心主页：http:/ 咨询方式：咨询方式E-mail: 计算中心基本情况集群情况-太乙集群情况-启明集群情况http:/收费政策收费政策-计费计费注：课题组余额可以从用户管理系统查询，地址95:18090计算资源计算资源太乙太乙启明启明备注备注刀片共享0.04元/核时0.03元/核时胖节点共享0.2元/核时0.15元/核时GPU共享0.1元/核时0.15元/核时存储空间扩容 12元/100G/月12元/100G/月4T和1T免费空间账号维护费2000元/年2000元/年机时费超过3千，免收h

3、ttp:/折扣与奖励折扣与奖励注：实际收费额=包月机时费+共享机时费奖励折扣+存储扩容费奖励折扣前前30%课题组课题组中间中间40%课题组课题组后后30%课题组课题组折扣五折六折七折第一步:用户随时提交申请表；第二步：计算中心对用户提交的申请表进行统计；第三步：对课题组进行排位；第四步：每年年底以机时费返还形式充入各课题组账户。http:/折扣与奖励折扣与奖励序号序号论文分类论文分类JCR分区分区权重权重(Q)1Nature1102Science1103Cell1104SCI1552363,417PI指导的硕士学位论文-28PI指导的博士学位论文-4优秀硕士、博士论文在中心教授委员会讨论确认下

4、也可参与机时奖励。论文权重表如下：http:/折扣与奖励折扣与奖励注意事项：第一:论文中明确标明“本研究工作得到南方科技大学科学与工程计算中心支持（SupportedbyCenterforComputationalScienceandEngineeringatSouthernUniversityofScienceandTechnology）”；第二：同一论文只可参与一次；第三：论文发表日开始两年内申请有效。课题组成员需为所提交论文的作者之一；第四：折扣奖励只针对教研序列教授。http:/折扣与奖励折扣与奖励每年评选“启明”之星，“太乙”之星若干名奖励机时费（奖励到课题组账户）。奖金若干（奖励到

5、个人）。参加评选，都有奖励123“启明启明”“”“太乙太乙”之星之星http:/充充值流程值流程课题组账户余额不得超过5万元。若有欠款，最大充值金额为欠款金额+5万元（例如：课题组A余额为2万元，则最多只能再充值3万元；课题组B欠款6万元，则最多充值11万元）。允许用户适当欠费，但欠费上限不得超过50万。http:/集群使用集群使用申请账号申请账号注：1、申请账号样例；2、申请表在http:/ 无限制Debug1小时试运行无限制ser无串行无限制http:/集群使用集群使用PBS启明启明-提交作业的命令提交作业的命令qsub test.pbs /test.lsf的写法有多种，建议参考计算中心网

6、站首页的FAQ 启明启明-任务监控任务监控使用qstat -f-a-i -n-s -R -Q-q-B-u +作业号-f 列出指定作业的信息-a 列出所有作业-i 列出不在运行的作业-n 列出分配给此作业的结点-q -q 列出队列状态，并以列出队列状态，并以alternativealternative形式显示形式显示an 查询当前所有作业所在的执行节点更详细的内容，请查阅“启明“用户手册或者PBS用户手册下载地址：http:/ test.lsf /test.lsf的写法有多种，建议参考计算中心网站首页的FAQ“太乙太乙”-提交作业的范例提交作业的范例http:/集群使用集群使用LSFbjobs

7、l 查看所有运行任务的详细情况bjobs l JOBID 查看 JOBID 这个任务的详细情况 bpeek f JOBID 跟踪查看某任务屏幕输出 bkill JOBID 终止某任务运行bkill JOBID1 JOBID2 JOBID3 终止多个任务运行 bqueuesbqueues 查看所有任务队列的状态查看所有任务队列的状态 bstop JOBID 临时挂起某个计算作业，为其它计算腾出资源 bresume JOBID 恢复由bstop挂起的作业 lshosts 查看节点的信息 bhosts 查看节点的作业使用信息 lsload 查看节点的即时负载信息 更详细的内容，请查阅“太乙”用户手册

8、或者LSF用户手册下载地址：http:/ Shell是系统的用户界面，提供了用户与内核进行交互操作的一种接口。LINUX文件系统: Linux文件系统是文件存放在磁盘等存储设备上的组织方法。Linux能支持多种文件系统，如EXT2、EXT3、EXT4 、FAT、NFS、SMB等。LINUX应用系统：标准的Linux系统都有一整套称为应用程序的程序集，包括vasp、mpi、数据库、openFoam等。http:/LINUX的登陆和退出的登陆和退出登陆Linux系统由系统管理员开设账户，设密码。可用Xshell、SSH Secure Shell Client、 Putty、 Xanager、X-w

9、in32、exceed等软件当用户正确地输入用户名和口令后，就能合法地进入系统。屏幕显示： rootloclhost /root # 这表明已经进入系统，此处的“#”符号是超级用户的系统提示符，而普通用户的提示符是“”。http:/LINUX的登陆和退出的登陆和退出退出Linux系统当用户执行完各种操作后，就要及时退出系统，这是一个良好的习惯，即使是暂时离开机器也同样如此。退出的操作很简单，只需键入下面的命令即可：zhang loclhost zhangexit在提示符后键入命令exit后回车即可退出系统。有的系统中用logout，或按下Ctrl+d也能退出或注销用户，但我们推荐使用exit命

10、令http:/LINUX文件命令文件命令在Linux系统中，几乎所有内容包括文档、命令、设备和目录等都组织成文件的形式，用文件来管理，常用的文件命令有：1.cat、more、less命令2.ls命令3.cp命令4.rm命令5.mv命令http:/LINUX目录和层次命令目录和层次命令同dos/windows操作系统一样，在linux系统中文件也是按目录保存在一个树形目录层次结构中的，目录层次的顶部是“根”目录，使用符号“/”。常用的目录和层次命令包括：1.pwd命令2.cd命令3.mkdir命令http:/LINUX查找命令查找命令1.find命令2.grep命令http:/LINUX查找命令

11、查找命令1.find命令find-name*.txt-print查找txt结尾的文件并输出到屏幕上find/cmd.sh-print查找/cmd目录下所有sh文件，并输出find.-perm755-print查找当前目录下权限为755的文件，并输出findpwd-userroot-print查找当前目录下属主为root的文件，并输出find./-groupsunwill-print查找当前目录下所属主是sunwill的文件find/var-mtime-5-print查找/var目录下更改时间为5天内的所有文件find/var-mtime+5-print查找/var目录下更改时间为5天以前的所有

12、文件find/var-newermyfile1!-newermyfile2-print查找/var目录下比myfile1新，但是比myfile2旧的所有文件。find/var-typed-print查找/var目录下所有目录find/var-typel-print查找/var目录下所有的符号链接文件。find.-size+1000000c-print查找当前目录下大于1000000字节的文件find/-namecon.file-depth-print查找根目录下有无con.file,若无则在其子目录中查找find.-typef-execls-l;查找当前目录下是否有普通文件，若有则执行ls-l

13、find/home-gk/-size+300G用法示例：查找HOME目录下大于1M小于10M的文件$find-size+1M-size-10Mhttp:/LINUX查找命令查找命令1.find命令foriinfind/tmp/*-size+1G-mtime+60-print|xargs;dorm-rf$i;done想在/etc目录中查找大于500000字节，并且在24小时内修改的某个文件，则可以使用-and（与）把两个查找参数链接起来组合成一个混合的查找方式，如“find/etc-size+500000c-and-mtime+1”。查找最大的目录ccse-xiezylogin01$du-s*|

14、sort-nr|head-129966411hplhttp:/LINUX查找命令查找命令2. grep命令排除root和gdm：ps-aux|grep-vroot|gdm或者ps-aux|grep-Evroot|gdm“包含root或者gdm:ps-aux|grep-Eroot|gdm“http:/LINUX目录文件安全性命令目录文件安全性命令Linux系统中每一个文件或目录都明确地定义其拥有者(owner)、组(group)和它的使用权限等。用户可用下面的命令规定自己主目录下的文件权限，以保护自己的数据和信息，防止他人非法使用。1.chmod命令http:/LINUX目录文件安全性命令目录文

15、件安全性命令.chmod命令命令名称：chmod功能：修改文件的权限语法：chmod权限参数文件或目录名称使用人：每一位用户描述：首先介绍文件权限。每个文件或目录都有一组9个权限位，每三位被分为一组，他们分别是属主权限位（占三个位置）、用户组权限位（占三个位置）、其它用户权限位（占三个位置）。比如rwxr-xr-x，我们数一下就知道是不是9个位置了，正是这9个权限位来控制文件属主、用户组以及其它用户的权限。要设置这些文件的权限就用chmod这个命令来设置，然而在使用chmod之前需要先了解权限参数的用法。权限参数可以有两种使用方法：英文字母表示法和数字表示法。http:/LINUX目录文件安全

16、性命令目录文件安全性命令使用/scratch目录为例：Ccse-xiezy目录不安全：其它人可以看http:/LINUX目录文件安全性命令目录文件安全性命令修改权限：其它人不能看http:/LINUX进程命令进程命令1.ps、top命令2.kill命令http:/LINUX进程命令进程命令1、查看进程启动时间2、让进程信息显示全psaxouser:20,pid,pcpu,pmem,vsz,rss,tty,stat,start,time,commhttp:/Top命令命令top命令，按1，可看各个core的利用率top命令，按m，可看内存利用率http:/Top命令命令强制杀死进程：强制杀掉作业

17、：kill-9PIDbkill-rjob_idhttp:/vi的启动与退出的启动与退出1.vi的启动输入vi命令后，便进入全屏幕编辑环境，此时的状态为命令模式。(1)vi进入vi的一个临时缓冲区，光标定位在该缓冲区第1行第1列的位置上。(2)vifile1如果file1文件不存在，将建立此文件；如该文件存在，则将其拷贝到一个临时缓冲区。光标定位在该缓冲区第1行第1列的位置上。http:/vi的启动与退出的启动与退出2.退出vi建议在退出vi前，先按ESC键，以确保当前vi的状态为命令方式，然后再键入“：”(冒号)，输入下列命令，退出vi。(1):w将编辑缓冲区的内容写入文件，则新的内容就替代了原始文件。这时并没有退出vi，必须进一步输入下述命令才能退出vi：:wfilename(存入指定文件):q(2):wq即将上面的两步操作可以合成一步来完成，先执行w，后执行q。(3):x功能与(2)等价。(4):q!强行退出vi，使被更新的内容不写回文件中。仅键入命令:q时，如vi发现文本内容已被更改，将提示用户使用“:q!”命令退出。http:/vi命令命令删除操作(命令模式使用)1、先ctrl+c然后shift+g，然后delete(删多列）2、x删除光标处的单个字符3、dd删除光标所在行4、dw删除当前字符到单词尾包括空格的所有字符5、#x例如3x删除