I6_核酸与蛋白质电脑模拟分析在分子检验应用.

1、16_核酸與蛋白質電腦模擬分析在分子檢驗應用2008 醫衛分子檢驗學分班-實驗課程 41課程基本資料:課程名稱開課學期必修/選修預估修課人數核酸與蛋白質電腦模擬分析在 分子檢驗應用上學期 下學期 暑期必修選修20負責老師學分數實際授課時數開課對象（含系別年級）楊孔嘉136碩博生2課程授課大綱及內容：課程簡介：核酸與蛋白質電腦模擬分析在分子檢驗應用在親緣演化、分子檢驗、疾病診斷、 與治療藥物開發上具有極高應用價值，本課程以培養學生利用電腦模擬的方式瞭 解核酸變異與比對及蛋白質和小分子、抗體和抗原等之間的交互作用方式，將來 應用於分子診斷。規劃由淺入深，由基礎至進階之基礎課程，使學生能兼具結構 生

2、物資訊理論基礎與電腦模擬分析之能力。課程包括：分子演化分析方法及理論 背景、基本結構生物資訊理論背景、核酸序列分析軟體教學、電腦分子模擬軟體 教學、上機實際操作、實作模擬分析報告並將分析結果放置網頁呈現、同時操作 細胞培養及C型肝炎病毒複製分析。評分方式：實際操作：50%,書面報告：50%課程時間：日期時間講題授課老師9:00-10:00報到與課程簡介：核酸與蛋白質電腦模擬分析在分子檢驗 應用楊孔嘉（校內）10:00-11:00分子演化分析方法及理論背景11:00-12:00文字搜尋資料簡介8/2213:00-15:00文字搜尋資料（電腦演練）1. EntreZ:NCBI搜尋介面2. ExPA

3、sy分析工具站SRS序列擷取系統劉紋君（校內）15:00-17:00序列格式種類，擷取，轉換：Seqret電腦演練）9:00-10:00序列比對與樹譜分析簡介10:10-12:00序列比對：Clustal W, Gen eDoc電腦演練）劉紋君（校內）13:00-15:00樹譜分析（一）：Mega, NJ tree （電腦演練）8/2315:00-16:00細胞培養及C型肝炎病毒複製分析簡介楊孔嘉，鄭婷方（校內）16:00-18:00C型肝炎病毒複製分析（實驗1:細胞培養）林君杰歐乃瑛（校內）9:00-11:00樹譜分析（二）:UPGMA, MP tree （電腦演練）8/2411:00-12

4、:00Recomb in ati on. Diversity: DNAsp （電腦演練）劉紋君（校內）13:00-14:00尋找核酸序列之限制酶圖譜及ORF （電腦演練）14:00-15:00問題討論劉紋君（校內）8/24 15:00-17:00C型肝炎病毒複製分析（實驗2:冷光報導基因分析）楊孔嘉鄭婷方林君杰歐乃瑛日期時間講題授課老師9:00-10:00In troducti on toProtei n Data Bank / NCBI / PubChem/ Homology Modeli ng Server10:00-11:00Viewi ng Protei ns - Molecular

5、Viewer （RasMol/ SpdbViewer ）（電腦實作）9/611:00-12:00Viewi ng Protei ns - Molecular Viewer（ViewLite/ ViewPro）（電腦實作）蔡耿彰（中研院）13:00-14:00SpdbViewer （電腦實作）14:00-16:00Homology modeling （電腦實作）16:00-17:00Examples of Molecular Model forProtei n-Liga nd in teractio n9:00-10:00Viewi ng Protei ns - Molecular ViewerIntroduction to Pymol （電腦實作）10:00-11:00In troductio n to High-ThroughputStructure-Based Virtual Scree ning9/711:00-12:00Structure-Based Virtual Scree ning:Protein-Ligands WebDocking（電.腦實作）蔡耿彰（中研院）13:00-14:00Structure-Based Virtual Scree ning:Protein-Peptide WebDocking電腦實作）14:00-15:00Viewi ng Pro