个体遗传评定之选择指数法ppt课件

1、遗传评定概述单性状育种值估计多性状综合遗传评定消费性能测定遗传评定选种选配1432Generation消费性能测定表型测定结果遗 传 评 定育种值估计育种值估计获得优良后代选择优秀种畜选配畜禽遗传改良的方法育种任务的重要义务之一个体祖先同胞后裔育种值估计育种值估计选 种信息信息第二节 单性状育种值估计一、单项资料信息估计单性状育种值二、多项资料信息估计单性状育种值育种值估计常用的资料信息来源育种值估计常用的资料信息来源资料信息来源：个体、祖先、同胞、后裔主要包括四个方面：育种值估计常用的资料信息来源v个体本身记录v祖先的记录v同胞的记录v后裔的记录个体个体性状性状表型表型值值育种值育种值个体育

2、种值(A)与各种资料来源(P)的关系AAsAdP通径：表示变量间因果关系的线单箭头通径线上的数值阐明关系的程度eg.1. As与A 之间有0.5的值，阐明个体育种值的遗传根底有二分之一源自父亲个体育种值与各种资料来源的关系个体育种值与各种资料来源的关系eg.2. A与P间通径线上的h，阐明每一个性状P中有一部分是由于A所致其大小为该性状遗传力的平方根个体育种值与各种资料来源的关系个体育种值与各种资料来源的关系AAoP经过性能测定获得经过性能测定获得P经过经过P估计估计APo一、单项资料估计单性状育种值NoImage)*(PPbAEBVIAP(6-3) 建立育种值对表型值的回归方程:一、单项资料

3、估计单性状育种值)*(PPbAEBVAPAAPb*PP个体的估计育种值EBV个体育种值对信息表型值的回归系数用于育种值估计的信息表型值与该信息来源处于一样条件的群体均值(6-3)关键一、单项资料估计单性状育种值2*),(pAPPACovbbAP的计算公式(6-4)：个体育种值与信息表型值的协方差信息表型值方差*),(PACov2*p一、单项资料估计单性状育种值信息表型值剖分为决议该表型值的育种值和剩余值:*RAP0*),(RACov普通地，假设育种值与剩余值的协方差为0，即:2*),(*)*,(*),(AArAACovRAACovPACov因此:*),(AAAAAACovr一、单项资料估计单性

4、状育种值2*),(AArPACovAr2A提供信息的亲属个体与被估个体间的亲缘相关系数性状的加性遗传方差一、单项资料估计单性状育种值2*),(pAPPACovbbAP的计算公式(6-4)：个体育种值与信息表型值的协方差信息表型值方差*),(PACov2*p一、单项资料估计单性状育种值2*p1、个体本身单次度量表型值2、个体本身多次度量均值3、多个同类亲属单次度量均值4、多个同类亲属多次度量均值 作为多项资料来源处置与信息资料方式有关。常用的信息资料方式有四种：信息来源度量次数一、单项资料估计单性状育种值22*) 1(1PPPnrnnPr2P个体本身的度量次数或同类亲属个体数性状单次度量的表型方

5、差ePrr 2*hrrAP多个表型值间的相关。一个个体多次度量时， ；多个同类个体单次度量时，*Ar提供信息的同类个体间的亲缘系数提供信息的同类个体间的亲缘系数由P39公式2-14 得 一、单项资料估计单性状育种值PAPPAAAPrnnhrnrnrb) 1(1) 1(1222将上式代入6-4 ，可得：6-5)*(PPbAEBVAP6-32*),(pAPPACovb不同信息估计单性状育种值的bAP表1234PAAPrnnhrb) 1(12)*(PPbAEBVAP2*hrrAP举例：一头母牛第一胎校正举例：一头母牛第一胎校正305305天产奶量为天产奶量为6800kg6800kg，其所在牛群当年第

6、一胎母牛平均校正，其所在牛群当年第一胎母牛平均校正305305天产奶量为天产奶量为6400kg6400kg。知产奶量的遗传力。知产奶量的遗传力h2h20.250.25，求该母牛的估计育种值。，求该母牛的估计育种值。 )(100)64006800(25. 0)*(2kgPPhA解：将各数据代入公式6-3：一、单项资料估计单性状育种值即：将bAP及信息表型值代入公式6-3，得到Aeg. 个体本身一次记录估计育种值)*(PPbAEBVAP)*(2PPhAEBV6-3育种值估准确度的衡量目的：估计育种值育种值估准确度的衡量目的：估计育种值 与真实育种值与真实育种值 A A 间的相关系数间的相关系数PA

7、ApAPAPAArnnhrbrr) 1(12*AAr6-6估计育种值的准确度取决于：被估个体与提供信息个体间的亲缘关系rA、性状的遗传力(h2)、可利用的信息数量(n)等一、单项资料估计单性状育种值A不同信息来源估计育种值的特点不同信息来源估计育种值的特点一、个体本身信息也称个体测定，利用个体本身信息估计育种值包括单次度量值、多次度量值两种情况单次度量值：加权系数即性状遗传力一个群体内，个体育种值大小顺序与个体表型值大小一致)*()*(2PPhPPbAAP一、个体本身信息多次度量值：提高了育种值估计的准确度。消除部分特殊环境效应对个体的影响bAP取决于度量次数k和性状反复力re： k越多，bA

8、P相对越大； re越高，单次度量值的代表性越强，多次度量提高的效率变低)*() 1(1)*(2PPrkkhPPbAeAP不同信息来源估计育种值的特点最最宜宜度度量量次次数数一、个体本身信息估计育种值特点育种值估计准确度直接取决于性状遗传力大小高遗传力性状通常采用个体测定非限性性状应充分利用这一信息：eg.体重等不同信息来源估计育种值的特点二、系谱信息也称系谱测定，包括父母及祖先的表型信息主要利用父母的信息，然后是祖父母更远的祖先提供信息价值有限，普通少用单亲信息的bAP只需个体本身信息的一半，rA=0.5)*(50)*(2PPhPPbAAP不同信息来源估计育种值的特点二、系谱信息利用双亲一次度

9、量均值估计育种值时， bAP等于遗传力不同信息来源估计育种值的特点二、系谱信息估计育种值特点 早期选择：个体性状未表现之前个体出生前，根据系谱记录的亲本成果预测后代育种值个体出生后，亲本信息作为个体选择的辅助信息，提高育种值估计的准确度不同信息来源估计育种值的特点三、同胞信息亦称同胞测定，包括全同胞信息和半同胞信息全同胞：同父同母的子女间，无近交情况时亲缘系数rA*为0.5。半同胞：同父异母或同母异父的子女间，无近交情况时rA*为0.25。不同信息来源估计育种值的特点猪、鸡猪、鸡牛、羊牛、羊三、同胞信息bAP中分子和分母的亲缘系数含义不同分子： rA 表示提供信息的个体与被估个体间的亲缘系数。

10、全同胞为0.5，半同胞为0.25分母： rA* 表示提供信息的个体间的亲缘系数。全同胞为0.5，半同胞为0.25不同信息来源估计育种值的特点1234不同信息估计单性状育种值的bAP表三、同胞信息估计育种值特点同胞数目较多，可由此提高育种值估计的准确度性状度量需屠宰后才干得到如眼肌面积限性性状选择产奶量、阈性状选择产犊数不同信息来源估计育种值的特点四、后裔信息亦称后裔测定，包括半同胞子女和全同胞子女育种值估计的目的：使后代获得最大的遗传进展个体的后代性能是评价该个体种用价值高低的最可靠规范不同信息来源估计育种值的特点四、后裔信息全同胞子女：同父同母的子女间，无近交情况时亲缘系数rA*为0.5半同

11、胞子女：同父异母的子女间，无近交情况时亲缘系数rA*为0.25半同胞子女：bAP中分子、分母的亲缘系数不同不同信息来源估计育种值的特点1234不同信息估计单性状育种值的bAP表四、后裔信息估计育种值特点：育种值估计准确度高延伸了世代间隔主要针对影响较大且不能进展个体测定的种畜奶牛种公牛的选择不同信息来源估计育种值的特点四、后裔信息后裔测定本卷须知：保证一定的测定数量消除与配母畜效应的影响：随机交配、统计学方法控制后裔所处的环境：不同种公畜的比较，应在一样或尽能够类似的环境条件下豢养它们的女儿不同信息来源估计育种值的特点小 结个体祖先同胞后裔育种值估计育种值估计选 种信息信息利用各种可利用的表型

12、信息和特定的统计学方法，将加性遗传效应从表型值中剖分出来P = A R一、单项资料估计单性状育种值举 例表6-2 2头种公羊及其亲属的剪毛量kg记录P151 公羊号本身 父亲 母亲 祖父 祖母外祖父外祖母半同胞兄妹半同胞子女n均值n均值9-781 8.213.65.610.47.610.74.31165.73156.089-752 7.414.57.36.06.88.74.6755.61155.54道良佐，1989假设它们来自同一群体，该群体剪毛量均值为5.0kg，剪毛量的遗传力h20.2。根据不同信息估计2头种公羊剪毛量性状的育种值 计算回归系数计算回归系数bAP1、根据个体本身记录 9-7

13、81号公羊的估计育种值和估计准确度分别是：一、单项资料估计单性状育种值举例)(64. 0)0 . 52 . 8(2 . 0)*(2kgPPhA447. 02 . 0) 1(12hhrrnnhrrrAPAAPAA9-752号公羊：)(48. 0)0 . 54 . 7(2 . 0)*(2kgPPhA447. 02 . 0hrrAPAA一、单项资料估计单性状育种值举例2、根据半同胞兄妹记录 9-781号公羊：8593. 02 . 025. 0) 1116(12 . 011625. 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrbHSAPAAP)(6273. 0)0 . 573. 5(8593

14、. 0)*(kgPPbAAP464. 02 . 025. 0) 1116(12 . 011625. 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrrHSAPAAA一、单项资料估计单性状育种值举例2、根据半同胞兄妹记录 9- 752号公羊：7979. 02 . 025. 0) 175(12 . 07525. 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrbHSAPAAP)(4867. 0)0 . 561. 5(7979. 0)*(kgPPbAAP447. 02 . 025. 0) 175(12 . 07525. 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrrHSAPAA

15、A半同胞数目少，估计准确度降低一、单项资料估计单性状育种值举例3、根据半同胞子女记录 9-781号公羊：8824. 02 . 025. 0) 115(12 . 0155 . 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrbHSAPAAP)(9530. 0)0 . 508. 6(8824. 0)*(kgPPbAAP664. 02 . 025. 0) 115(12 . 0155 . 0) 1(12)(2hrnnhrrHSAAA多个半同胞子女信息估计育种值时，分子与分母的亲缘相关系数取值不同一、单项资料估计单性状育种值举例3、根据半同胞子女记录 9-752号公羊：8824. 02 . 025

16、. 0) 115(12 . 0155 . 0) 1(1) 1(12)(22hrnnhrrnnhrbHSAPAAP)(4765. 0)0 . 554. 5(8824. 0)*(kgPPbAAP664. 02 . 025. 0) 115(12 . 0155 . 0) 1(12)(2hrnnhrrHSAAA例6-1阐明：不同信息估计育种值的准确度不同： 子女0.664 同胞0.464 个体0.447双亲均值0.316 父亲或母亲0.226单项信息估计育种值的准确度有限提高选种准确度的措施：充分利用一切有关的信息进展育种值估计一、单项资料估计单性状育种值举例作 业：1、有如下信息资料，分别计算个体育种

17、值估计的回归系数和准确度1个体本身5次表型记录，h20.25，r0.62500个半同胞的单次记录， h20.253500个半同胞后裔的单次记录， h20.25一、单项资料估计单性状育种值二、多项资料估计单性状育种值复合育种值复合育种值二、多项资料估计单性状育种值利用单项信息估计育种值的准确度有限利用多项信息合并估计育种值的准确度较高本本 身身女女 儿儿双双 亲亲半同胞半同胞盛志廉，陈耀生，盛志廉，陈耀生，1999主要包括四个方面：主要包括四个方面：育种值估计常用的资料信息来源v个体本身记录个体本身记录v祖先的记录祖先的记录v同胞的记录同胞的记录v后裔的记录后裔的记录个体个体多项信息多项信息资料

18、资料育种值育种值多元回归多元回归矩矩 阵阵1、纯量、纯量scalars：单个数值，通常用小写斜体：单个数值，通常用小写斜体字母表示。如字母表示。如 p0.3、n15 等等2、矩阵、矩阵matrix：由一组元素按一定顺序行：由一组元素按一定顺序行或列构成。元素可以是纯量、数学表达式或矩或列构成。元素可以是纯量、数学表达式或矩阵。通常用大写粗体字母表示。如阵。通常用大写粗体字母表示。如 A2 3行 列线性代数相关知识：232221131211aaaaaa32A回回 忆忆3、向量vector：矩阵的一种，指包括一行行向量或一列列向量元素的矩阵线性代数相关知识：v普通地，向量指列向量，用小写粗体字母表

19、示普通地，向量指列向量，用小写粗体字母表示v a为列向量、为列向量、 a为行向量为行向量va a 纯量纯量a是是a的的转置矩阵转置矩阵线性代数相关知识：4、矩阵的乘法计算、矩阵的乘法计算50202101201021举 例：2112111121111211axaxaaxxax则：，、设 21111211aaxxax两矩阵两矩阵A、B可乘的条件：可乘的条件：A的列数的列数B的行数的行数2122112121121111211122211211axaxaxaxaaxxxxXab则：，、设, 211122211211XabaXaaxxxx21221121211211112111axaxaxaxbbb21

20、221121212112111111axaxbaxaxb即：?, 2010 4321 2111bXabaX求，、若计算：bb211111050204103202101bbb线性代数相关知识：4、逆矩阵、逆矩阵CABCAB1矩阵A的逆矩阵二、多项资料估计单性状育种值复合育种值：同时利用多项亲属信息复合育种值：同时利用多项亲属信息进展的育种值估计进展的育种值估计二、多项资料估计单性状育种值P1P2Pn多元线性回归多元线性回归b1 、 b2 bn A)(.)()(222111nnnPPbPPbPPbA多项信息合并估计育种值的多元回归方程多项信息合并估计育种值的多元回归方程)()(222111PPbP

21、PbA2种信息合并估计育种值种信息合并估计育种值221121PPPPbbA矩阵方式矩阵方式回归系数是回归系数是计算关键计算关键cVb cVb1计算回归系数的正规方程组：复合育种值的计算步骤cVb1cVV1、)(221121PPPPbbAcVb V：信息表型值间的方差协方差矩阵：信息表型值间的方差协方差矩阵b：偏回归系数向量：偏回归系数向量c： 被估个体育种值与信息表型值间的协方被估个体育种值与信息表型值间的协方差向量差向量r：被估个体与信息来源的亲缘系数向量：被估个体与信息来源的亲缘系数向量)(2Arc (6-9)各信息表型值的方差各信息表型值的方差、21P22P信息表型值间的协方差信息表型值

22、间的协方差),(21PPCov被估个体育种值与信息表型值间的被估个体育种值与信息表型值间的协方差，称右手项协方差，称右手项、),(1PACov),(2PACov),(),(),(),(212122121221PACovPACovbbPPCovPPCovPP正规方程组 对应于 ：cVb 复合育种值的计算步骤cVb1cVV1、)(221121PPPPbbA二、多项资料估计单性状育种值举例例1：拟估计1号青年公牛的复合育种值 可供运用的信息资料记录： 母亲的产奶记录P1 =7020kg，对应的均值为6500kg 祖母的产奶记录P2 =8050kg，对应的均值为6450kg 有关的遗传参数知：有关的遗

23、传参数知：假设母亲和祖母来自同一群体，且无亲缘关系假设母亲和祖母来自同一群体，且无亲缘关系性状性状Ph产奶量产奶量600kg0.25据知条件，有：据知条件，有：),(),(21PACovPACovc二、多项资料估计单性状育种值举例解：先求矩阵解：先求矩阵V V、c,c,以计算偏回归系数以计算偏回归系数 : :22121221),(),(PPPPCovPPCovVkgPPP2222600210),(221*AArPPCov2213005 . 0),(AArPACov22230025. 0),(AArPACovkghPA222230060025. 02b信息个体间的亲缘系数被估个体与信息来源间的亲

24、缘系数根据根据 ，可得：，可得：0625.0125.030025.03005 .060000600),(),(.),(),(22122211221212PACovPACovPPCovPPCovPPcVb1cVb1kgPPPPbbA16516005200625. 0125. 064508050650070200625. 0125. 02211211例例2 2：设同群牛中：设同群牛中2 2号青年公牛也参与遗传评定，号青年公牛也参与遗传评定，此公牛可利用的资料是母亲及外祖母的记录此公牛可利用的资料是母亲及外祖母的记录个体个体母亲母亲外祖母外祖母0.50.5P1P2二者有亲缘关系V中的协方差不再为中的

25、协方差不再为0221212),(),(PPPPCovPPCovV22*212121),(),(AAArAACovPPCov母亲与外祖母的亲缘系数母亲与外祖母的亲缘系数二、多项资料估计单性状育种值举例221222225. 05 . 02121AAPAAPcVb1那么回归系数向量为：0476. 01190. 030025. 03005 . 060023002300600221222221bbb二、多项资料估计单性状育种值假设2号青年公牛母亲和外祖母的产奶量表型值分别与1号公牛的母亲和祖母的成果一致，那么其复合育种值估计为：kgPPPPbbA13816005200476. 01190. 022112