perl语言期末考核大作业

1、成绩表考核作业成绩（70%）回答问题成绩（30%）总成绩Perl程序设计课程考核院 系 部 门： 学 生 专 业： 学 生 学 号： 学 生 姓 名： 2012年1月课程大作业内容第一题：请问Bioperl怎样安装和配置，请结合文字图表概述Bioperl的安装、配置与测试，并简述该过程中出现问题解决经历（10分）。 1、 安装过程：Bioperl的安装（1）：安装好active perl 10.1。（2） 、打开ppm,得到如下界面：3：，选择Edit Preferences。得到如下界面：4：在Preferences添加下面的站点Repositories to addNameperl 5.8

2、perl 5.10BioPerl-Regular Releases/DIST/DISTBioPerl-Release Candidates/DIST/RC/DIST/RCKobeshttp:/theoryx5.uwinnipeg.ca/ppmshttp:/cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/10xx/Bribeshttp:/www.B/perl/ppmhttp:/www.B/perl/ppmtcool

3、/archives/NA5：选择View All Packages；6：在搜索框输入bioperl得到如下界面：7：，选择最新版本，右键安装（需要安装:bioperl;bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run）。8：查看安装是否成功：查看目录PerllibBio中是否存在Biblio.pm文件，存在则表明安装成功二：测试 测试代码：建立一个PL文件：写入以下内容，然后双击文件，会在同目录下生成一个testseq.fsa文件use Bio:Seq;use Bio:SeqIO;# create a sequence obje

4、ct of some DNAmy $seq = Bio:Seq-new(-id = testseq, -seq = CATGTAGATAG);# print out some details about itprint seq is , $seq-length, bases longn;print revcom seq is , $seq-revcom-seq, n; # write it to a file in Fasta format my $out = Bio:SeqIO-new(-file = testseq.fsa, -format = Fasta);$out-write_seq(

5、$seq);双击bioperltest.pl,得到或者在命令处理程序中：输入： C:Perlperldoc Bio:Biblio得到如下：3、 简述该过程中出现问题解决经历 第二题：结合图形和程序回答下面问题1、编程实现一个DNA序列文件的酶切位点的分析（包括酶切位点统计、酶切位点的标记和计数，以及可视化输出等，不准用模式匹配知识）（10分）。2、对1中编写的程序采用子程序进行优化，并阐述子程序输入输出和内部算法实现的理由和心得（10分）。3、进一步完善上面的程序，编写的系列酶切酶管理程序，实现酶切酶信息的添加、删除和修改，并简述理由和心得（20分）。 由于第一问、第二问和第三问是紧密联系的，

6、所以将其联合在一起编辑优化得到以下程序：具体程序代码如下：system cls;&choose;my $slect=;chomp($slect); if ($slect eq search) &search; if($slect eq add) &add; if($slect eq estimate) &estimate; if($slect eq quit) &quit; sub choose$=heading;write;format heading = 运行程序选择= 在酶切位点中添加新的酶切位点请输人add =* 计算整个序列中各碱基所占比例请输入estimate * 寻找基因的酶切位

7、点请输入search *= 退去此程序请输入quit =.printnn 请在这里输入你的选项：;sub search system cls; print nn=你已进入酶切位点查找程序=n; print=nn; print请在这里输入目的基因序列:nn; my $string=;printn请输入酶切位点序列:n;my $dian=;chop($dian);#将找到的酶切位点的位置赋值到句柄$positions中 printn基因序列的酶切位点：n;my $foundAt = 0;my $offset = 0;my $label = 1;my %positions; while ( ( $f

8、oundAt = index( $string, $dian, $offset ) ) -1 ) $positions $foundAt = $label+; $offset = $foundAt + 1;#将$string中的基因序列按每10个一组输出my $n=0;my $number=0; my $c=0;while($clength($string) my $n=0;while($n0 & (length($string)-$c100) last; my $f=$c;foreach($c.length($string)-1) #110my $str2;$str2=substr($str

9、ing,$c,1);print $str2; $c+; if($c%10=0) print ; print n;foreach($f.length($string)-1) print $positions$f?$positions$f: ; print if($f%10=0);$f+;print n ; sub add system cls;print nn=你已进入添加酶切位点程序=n; print=nn;print 请依次输入酶的名称 其识别的序列 酶切的前半部分序列 酶切的后半部分序列,输完后请按Ctrl+Zn;chomp(my enzyme=);open(FILE,C:myperl酶切

10、位点.txt);print (FILE enzymen);close (FILE);print n此序列以保存到C:myperl酶切位点.txtnn;print 下面输出的是数据库中所保存的所有的酶切位点:nn;open(FILE,C:myperl酶切位点.txt);my array=;close(FILE);print array; print=n; print=; sub estimate system cls; print=你已进入基因序列各碱基比例统计程序=n; print=nn;print 请在这里输入基因序列所在的文件位置（如C:myperlgene.pl.txt）n序列存放位置：

11、;$file=;chomp($file);open(FILEHANDLE,$file);$string=;close(FILEHANDLE);#将array中的每一个元数中的内容都赋值到$string中，形成一个字符串 printn从文件中读出的基因序列为：n $string;print nnn=此基因序列碱基分析结果如下=nnn; ($a,$c,$t,$g,$n1)=(0,0,0,0,0); print 基因序列： $stringn;#用while循环进行统计while ($n1(length($string)-1) $y=substr($string,$n1,1); if($y eqA)

12、$a+; elsif($y eq C) $c+; elsif($yeqT) $t+; elsif($y eq G) $g+; $n1+;$n=length($string);#分别计算出a,t,c,g在所给基因中所占的百分比$ap=$a/$n;$cp=$c/$n;$tp=$t/$n;$gp=$g/$n;print n A碱基所占的百分比为 $apn C碱基所占的百分比为 $cpn T碱基所占的百分比为 $tpn G碱基所占的百分比为 $gpn; sub quit printn 你已退出了该程序！; 第一步 运行改程序会出现如下选择界面：第二步 输入add 进入在酶切位点文件中添加新酶切位点的程

13、序，界面如下：依次输入酶的名称，识别序列，酶切割的前半部分序列，酶切割的后半部分序列，回车后，Ctrl+Z进行酶切位点添加，输出文件中已有的酶切位点。界面如下：第三步 在程序选择窗口中输入estimate，进入基因序列碱基分析程序，界面如下：输入自己电脑上存放基因序列文件的位置，回车。得到基因序列原文和对其进行碱基分析的结果。界面如下：第四步 在程序选择窗口中输入search，进入在基因序列上寻找酶切位点的程序，界面如下：输入目的基因序列和要寻找酶切序列，回车，运行程序得到酶切位点标记和记数结果。界面如下：第五步 在程序选择窗口中输入quit，跳出本程序。界面如下：4、 编程实现采用滑动窗口技

14、术实现DNA序列的四种碱基含量变化并可视化输出，并简述理由和心得（10分）。理由和心得： 可以利用滑动窗口这个结构，很快的找到从第几位开始，接下来的窗口大小内的数据是什么，在研究DNA碱基序列中可以很方便，只需从窗口中取出碱基序列就可以做相应的事情，如果不行，可以将窗口向前移动继续查找。具体程序代如下：use warnings;use strict;open(FILEHANDLE,C:gene.txt);my array=;close(FILEHANDLE);my $lengt=array;my $a;my $string;for($a=0;$a9)my $subseq=substr($str

15、ing,$nu1,10);my arrayseq=split/,$subseq;foreach(arrayseq)$d-$_-$nu+;$nu+;$nu1+;#system cls;my $m=();&stats(A);print nnnn A基因的统计结果如下图n;&pri;&stats(G);print nn nn G基因的统计结果如下图n;&pri;&stats(C);print nnnn C基因的统计结果如下图n;&pri;&stats(T);print nn nn T基因的统计结果如下图n;&pri;sub statsmy $sn;my $sn1;for ( $sn=0;$sn=($

16、nu-1);$sn+)for( $sn1=0;$sn1$_0-$sn)$d-$_0-$sn=0;if($sn1 = $d-$_0-$sn)$m-$sn1-$sn=*;else$m-$sn1-$sn=qq ; sub priprint nn n |n;for(my $sn4=10;$sn4=0;$sn4-)print $sn4| ;for(my $sn=0;$sn$sn4-$sn;print n; print -x ($nu+5),;运行此程序得到存放在C盘gene.text文本文档中的基因序列各个基因的统计图形结果，如下图所示：A基因统计结果：G基因的统计结果：G基因的统计结果：T基因的统计结

17、果：第三题：结合图形和程序回答下面问题：编程实现DNA序列向蛋白质序列转换，并可视化输出（20）。具体程序代码如下：use warnings;use strict;use package1;BEGINunshift(INC,.);package1:mypackage1;my $file=;chomp($file);my $geneseq=&fileopen($file);printn文件中基因序列为：n $geneseqn;for (my $j=0;$j3;)my ac;my $i=0;my $ai=0;$ai=$ai+$j;while(1)$ac$i+=substr($geneseq,$ai

18、,3);$ai=$ai+3;last if(length($geneseq)-$ai3);my $f=0;foreach(ac) for(my $u=0;$u3;$u+)if(A eq substr($_,$u,1)substr($ac$f,$u,1)=T;elsif(T eq substr($_,$u,1)substr($ac$f,$u,1)=A;elsif(G eq substr($_,$u,1)substr($ac$f,$u,1)=C;elsif(C eq substr($_,$u,1)substr($ac$f,$u,1)=G;$f+;$j+;print n此基因序列的第$j种密码子可能

19、为：n acn;my $code;foreach(ac)if($_=/TC|AGTC/)$code .= S;elsif($_=/CT|TTAG/) $code .= L;elsif($_=/CG|AGAG/)$code .= R;elsif($_=/GG/)$code .= G;elsif($_=/CC/)$code .= P;elsif($_=/AC/)$code .= T;elsif($_=/GC/)$code .= L;elsif($_=/GT/)$code .= V;elsif($_=/ATTCA/)$code .= I;elsif($_=/TTTC/)$code .=F;elsif($_=/TGTC/)$code .= Celsif($_=/CATC/)$code .=H;elsif($_=/TATC/)$code .= Y;elsif($_=/CAAG/)$code .= Q;elsif($_=/AATC/)$code .= N;elsif($_=/AAAG/)$code .= K;elsif($_=/GATC/)$code .= D;elsif($_=/GAAG/)$code .= E;elsif($_ eq ATG)$code .= M;elsif($_ eq TGG)$code .= W;print 这种密码子得到的蛋白质序列如下：n $codenn