查询质粒方法汇总.doc

如何查找质粒图谱之我见plasmid map, Vector Sequence方法汇总 经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，因此决定就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子，希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中积累的，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。方法一：安装软件Vector NT 做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这款软件的下载和使用说明书站内很多）方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下1.Vector Database地址：/g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见view sequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了。如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦。2.Vector DB网址：/vectordb/vector.html这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。方法是：网页工具栏 编辑-在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如：我们输入pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequence link进入是该质粒的序列。NCBI link，点击直接进入了NCBI，如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。3NCBI网址：/真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to，选中file，genebank等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。4其他查找质粒图谱的网站：寒梅砺剑阁（不是很全）/5757561.htmlbioask/html/857.htmlAddGene（西瓜版主提供，真的是个非常不错的网址）这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小异，就不特别介绍了，希望就放收藏夹就可以了。方法三：一些重要试剂公司网页 其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。 比如简单的，克隆载体pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS的Duet系列载体，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。比如：这个虫子求pGM-T载体序列，见帖子/bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下图，他们公司主页有吧。另外：invitrogen公司：/site/cn/zh/home.htmlNovagen公司：/g.asp?f=NVG/pETtable.html在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远了。方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱 有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs. Nucleic Acids Res 38(6): e92.这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了呢？首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的